Geschiedenis
In het jaar 1458 kocht Jacobus Wiltingh, pastoor in Garrelsweer en vicaris in Loppersum, een woest stuk grond met boerderij en landerijen, gelegen bij het huidige Ter Apel, destijds een onherbergzaam bos- en moerasgebied. In 1464 schenkt Wiltingh het goed aan de broeders van de ‘Orde van het Heilig Kruis’ onder de voorwaarde dat op deze plek een klooster zou verrijzen. Vanuit het moederklooster in Bentlage kwamen een jaar later vier kruisheren en enkele lekenbroeders naar ‘Apell’ voor de bouw van het klooster Domus Novae Lucis oftewel Huis van het Nieuwe Licht met als eerste prior Hinrick van den Berge. De bouw van het klooster duurde bijna een eeuw, tot 1561. Nadat Willem Lodewijk van Nassau het gebied had veroverd ging het Groningse land deel uitmaken van de Republiek de Zeven Verenigde Nederlanden en was de Reformatie ook hier een feit. Johannes Emmen, de laatste prior van het klooster, werd in 1604 de eerste predikant. Dit is het begin van de geschiedenis van de protestantse gemeente Klooster Ter Apel.
Er is weinig bekend over de stromingen binnen het protestantisme in Westerwolde in de eerste eeuwen na de Reformatie en er is niets geschreven over grote theologische verschillen. De afscheiding van 1834 had geen vat op Ter Apel. In de tweede helft van de 19e eeuw ontwikkelde zich landelijk de stroming van het modernisme waarin de term vrijzinnig ontstond. De kerkenraad van de Kloosterkerk koos ondubbelzinnig voor het modernisme.
Eeuwenlang is de stad Groningen de eigenaar geweest van het kloostercomplex. De verhouding met de Kloosterkerk is een heel bijzondere geweest. Tot ver in de 20e eeuw werd een deel van het salaris van de predikant door de stad betaald. Toen in 1976 het klooster werd overgedragen aan Staatsbosbeheer, werd in de overdrachtsakte vermeld dat het eeuwenoude recht van de Hervormde gemeente om de zogeheten lekenkerk te gebruiken gestand zal worden gedaan.
Sinds 2001 wordt het kloostercomplex gepacht en beheerd door de Stichting Museum Klooster Ter Apel.
Voor diegenen die alles willen weten over de rijke historie van de Kloosterkerk is er in 2013 een boek verschenen met de titel ‘Een eigenzinnige geloofsgemeenschap’ geschreven door de historici Geert Luth en dr. Gert van Klinken. Deze rijke uitgave van uitgever Skandalon werd in de pers een standaardwerk genoemd.